Изначально, согласно грамоте, выданной польским королем Августом III монахам-бернардинам, в Житомире в 1761 году открыли Бернардинский монастырь и построили при нем деревянный костел, посвященный блаженному Иоанну из Дукли.
Иоанн из Дукли (John of Dukla) - святой в Римско-католической церкви, один из святых покровителей Польши и Литвы. Родился он в 1414 году в польском городе Дукля, а умер в 1484 году в Львове. Был монахом нищенствующего Ордена меньших братьев конвентуальных (Friars Minor Conventual), жил в бедности и послушании, читал проповеди, с годами ослеп. Ему приписывают несколько чудес. 10 июня 1997 года, Иоанн из Дукли был канонизирован папой Иоанном Павлом II.
Во время национально-освободительного восстания "Колиевщина" в этом монастыре скрывался один из руководителей восстания легендарный казак Иван Гонта, воспетый Тарасом Шевченко в поэме "Гайдамаки".
В 20-х годах XIX века, вместо деревянного, на этом же месте начали строительство каменного костела. Строили его так неудачно, что еще во время строительства в стенах образовались трещины, и пришлось снаружи подпирать стены мощными контрфорсами. Закончили строительство в 1842 году. Костел — кирпичная, трехнефная базилика, выполненная в ордерной системе в упрощенных традиционных архитектурных формах барокко. В храме было три алтаря: центральный и два боковых — в честь Божьей Матери Ченстоховской и Святого Антония из Падуи. Первоначально интерьер костела был богато декорирован. В его оформлении принимал участие художник Ф. Завадский.
Но радость монахов-бернардинов по поводу окончания строительства была преждевременной. Деятельность монастыря вскоре запретили, а здания передали переведенной из Луцка в 1844 году Римо-католической духовной семинарии. Семинарию разместили в примыкающих к костелу Т-образных в плане кельях бывшего Бернардинского монастыря, а костел при семинарии стал называться Семинарийским.
Костел и семинария тогда выходили непосредственно на нынешнюю Соборную площадь, поэтому и она в середине XIX века называлась Семинарийской. Семинарийским переулком тогда назывался и нынешний проезд Скорульского, поскольку он находился на землях, отведенных бывшему Бернардинскому монастырю еще в 1763 году и перешедших духовной семинарии.
Перед Второй мировой войной помещения костела переоборудовали под кинотеатр. Башню со стороны площади снесли, а вход сделали со стороны Киевской улицы. После войны тут была областная филармония, областной дом народного творчества и отдел природы краеведческого музея. Кельи монастыря в советское время и до 2006 года использовали под областной военкомат.
В наши дни костел отреставрировали, пристроив новую башню со стороны улицы Театральной, и вернули верующим. Освящение храма состоялось 25 октября 1997 года. В том же году костел получил современное название - Семинарийский костел Святого Иоанна из Дукли.
Костел является памятником истории и архитектуры государственного значения.